Образование в магистратуре осуществляется по следующим магистерским программам:
- Теоретическая физика
- Математическая физика
- Биофизика
- Физика молекулярных процессов и экстремальных состояний вещества
- Физика конденсированных сред и сложных систем
- Физика наносистем
- Математические методы в квантовой теории поля и статистической механике
- Медицинская физика
- Оптика и спектроскопия, физика лазеров и синхротронного излучения
- Системный анализ, физико-математическое моделирование и управление
- Физика частиц и космологии
- Физика элементарных частиц
- Физика фундаментальных взаимодействий
- Физика ускорителей и радиационной медицины
- Физика атомного ядра и квантовая теория столкновений
- Космическая физика и астрофизика космических лучей
- Физика плазмы
- Физика ядра и элементарных частиц
- Нейтронная физика и физика наносистем
- Дифракционные и ядерно-резонансные методы исследования конденсированных сред
- Физика полупроводников
- Физика функциональных наноматериалов
- Физика магнитных явлений
- Физика низких температур
- Физика квантовых кооперативных явлений
- Квантовые и нелинейные колебательные системы
- Волны в структурированных средах
- Физическая электроника
- Нелинейная оптика и лазерная физика
- Физическая и прикладная акустика
- Квантовая электроника и квантовая оптика
- Физика атмосферы и околоземного космического пространства
- Физика Земли
- Физика моря и вод суши
- Информационные технологии в физике
- Фундаментальная астрономия и астрофизика
- Инженерная физика
- Физика нейтрино
