Кафедра физики высоких энергий была основана в 1970 году по инициативе директора НИИЯФ МГУ академика С.Н. Вернова. С момента основания до 2015 года кафедру бессменно возглавлял академик Анатолий Алексеевич Логунов. В настоящее время заведующим кафедрой является профессор Виктор Иванович Денисов. Кафедра создавалась как учебная база подготовки высококвалифицированных специалистов для Института физики высоких энергий (ИФВЭ) в Протвино и других, близких по профилю научных институтов. В свою очередь, ИФВЭ стал основной научной базой кафедры. Связь кафедры с ИФВЭ была самая тесная: студенты 5-6 курсов большую часть учебного времени проводили в Протвино, где работали в лабораториях, слушали специальные курсы, выполняли дипломные работы.

Существенные изменения произошли в 1982 году, когда после реорганизации большая часть сотрудников кафедры электродинамики и квантовой теории (у истоков которой стояли такие крупные ученые, как академики Л.Д. Ландау, М.А. Леонтович, А.С. Давыдов, позднее там работал академик И.М. Лифшиц) перешла в состав кафедры, руководимой А.А. Логуновым. Обновленная кафедра получила название квантовой теории и физики высоких энергий. Штат кафедры значительно увеличился в 1992 году, когда в ее состав вошли такие известные ученые, как академики В.Г. Кадышевский, директор ОИЯИ (Дубна), В.А. Матвеев, директор ИЯИ РАН (Троицк), Д.В. Ширков, что укрепило связи кафедры с институтами РАН. Помимо упомянутых институтов, у кафедры всегда была тесная связь с НИИЯФ МГУ, где из выпускников кафедры был организован Отдел теоретической физики высоких энергий. Рост численного состава кафедры сопровождался расширением научной тематики - кафедра стала общетеоретической.

В данный момент кафедру возглавляет доктор физико-математических наук, профессор Виктор Иванович Денисов

Заведующий кафедрой профессор Виктор Иванович Денисов и студент-стажер Томоки Терасаки.